El municipio de Iztapa se encuentra conformado por tres Micro Regiones siendo las siguientes:
- Región Uno del Parcelamiento el Wiscoyol hasta la Aldea la Canasta
- Región Dos desde el Canal de Chiquimulilla Puerto viejo hacia Aldea el Guayabo
- Región Tres entrada principal Aldea Las Morenas hacia colonia Santa Cecilia
- Parcelamiento el Wiscoyol I
- Parcelamiento el Wiscoyol II
- Aldea el Castaño
- Aldea la Canasta
- Aldea el Conacastillo
- Aldea Atitán
- Aldea el Chile
- Aldea Puerto Viejo
- Caserío Atitancito
- Aldea el Conacaste
- Aldea el Guayabo
- Colonia Santa Cecilia
- Caserío Blanca Cecilia
- Aldea Buena Vista
- Comunidad el Esfuerzo
- Comunidad Waikiki
- Caserío el Carrizo
- Colonia Santa Marta
- Caserío Santo Tomás
- Caserío la Providencia
- Prados del Morón
- Barrio el Morón
- Barrio Lindo
- Barrio María Linda
- Aldea Las Morenas
- Colonia la Democracia
- Colonia Arenas del Río
- Colonia 20 de Octubre
- Casco Urbano